司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况要根据不同的司法程序和案件类型来确定，以下分情况介绍：

    民事诉讼

    一般情况会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案，通常意味着纠纷在一定程度上得到了解决。一般来说，原告会向法院申请撤诉，或者双方在法院主持下达成调解协议，法院制作调解书并送达双方当事人。当这些程序完成后，案件会以撤诉或者调解结案的方式处理。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院审理过程中，双方达成司法协商，乙分三期偿还借款，甲向法院申请撤诉，法院裁定准许撤诉后，该案件即结案。

    存在特殊情况

   如果在分期付款过程中，债务人未按照约定的时间和金额履行还款义务，债权人可以依据原生效法律文书或者调解协议向法院申请强制执行，此时案件可能会进入执行程序，相当于又恢复到未了结的状态。

    刑事附带民事诉讼

    民事部分可能结案

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，如果双方就赔偿达成分期付款协议，并且该协议得到法院认可，民事部分可以按照类似民事诉讼的方式结案。但刑事案件部分会继续按照刑事诉讼程序进行审理和判决。

   例如，在一起故意伤害案件中，被害人提起刑事附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费等损失。双方协商后，被告人分期赔偿被害人损失，被害人对民事赔偿部分表示满意，法院对民事部分可以调解结案，但刑事部分仍会对被告人的刑事责任作出判决。

    刑事部分不受影响

   刑事部分的结案与否取决于犯罪事实的认定、证据情况以及法律适用等因素，与民事赔偿的分期付款协商没有直接关联。只有当刑事诉讼程序完成，法院作出最终判决且判决生效后，刑事案件才会真正结案。

    执行案件

    达成和解协议可暂时结案

   在执行程序中，双方当事人达成分期付款的执行和解协议后，法院可以根据具体情况决定是否终结本次执行程序。终结本次执行程序并不意味着案件彻底结束，而是一种暂时的结案方式。

   例如，法院在执行丙对丁的债务纠纷案件时，双方达成执行和解，约定丁分阶段还款。法院可以裁定终结本次执行程序。如果丁按照和解协议履行完毕，案件将真正结案；如果丁不履行和解协议，丙可以申请法院恢复执行。