司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看。

    可能结案的情况

    在诉讼阶段达成协商

   在民事诉讼中，如果双方在法院主持下达成了分期付款的调解协议，并且按照协议约定的内容制作了调解书。当债务人按照调解书规定的分期还款计划，按时、足额履行了全部还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款10万元，在法院调解下双方达成协议，乙分10期每月偿还1万元。乙严格按照该协议履行，全部款项还清后，法院会终结案件的执行程序，进行结案处理。

    在执行阶段达成协商

   在执行过程中，双方达成执行和解协议，约定了分期付款的方案。当被执行人完全履行执行和解协议后，人民法院会作执行结案处理。根据相关法律规定，和解协议履行完毕的，人民法院作执行结案处理。

   比如，法院判决丙向丁支付赔偿款20万元，进入执行程序后，丙与丁达成和解，约定分5期付款，每期4万元。丙依约付清全部款项后，法院会结案。

    不会结案的情况

    未完全履行分期协议

   如果在司法协商分期付款过程中，债务人没有按照约定的时间和金额履行还款义务，那么案件不会结案。在诉讼阶段达成调解协议后未履行的，债权人可以向法院申请强制执行；在执行阶段达成和解协议后不履行的，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，法院会继续执行程序，案件处于未结状态。

   例如，上述乙在偿还了3期共3万元后，后续不再还款，甲有权向法院申请强制执行剩余的7万元，案件不会因为部分履行而结案。

    存在其他争议或事项未解决

   即使达成了分期付款协议并部分履行，但如果存在协议之外的其他争议事项，如对协议条款的解释存在分歧、出现新的违约赔偿问题等，案件也可能不会结案，法院可能需要继续审理相关争议。