司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    可以结案的情况

    - 在民事纠纷案件中，当双方达成司法协商分期付款协议，并且债务人按照协议约定的时间、金额等要求，按时足额完成了所有分期款项的支付，同时债权人的合法权益得到了充分保障，没有其他争议事项。这种情况下，法院一般会按照程序将案件作结案处理。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，经法院主持调解，双方达成司法协商分期付款协议，乙分 5 期，每月偿还 2 万元。乙严格按照协议履行，5 个月后全部还清欠款，此时法院会对该案件进行结案操作。

    可能不结案的情况

    - 如果债务人在司法协商分期付款过程中，出现违约行为，如未按时支付款项、支付金额不足等，债权人有权依据协议约定或者法律规定，要求恢复原生效法律文书的执行，或者要求债务人承担违约责任等。在这种情况下，案件不会结案，法院会继续对案件进行处理。

    - 比如上述案例中，乙支付了 2 期共 4 万元后，就不再按照协议还款，甲向法院反映情况，法院会继续对该案件进行审查和处理，不会结案。

    - 另外，如果在履行分期付款协议过程中，双方就协议的履行方式、履行时间等条款产生新的争议，且无法自行协商解决，也可能导致案件不能结案，需要法院进一步审理和裁决。

    刑事案件

    - 刑事案件中涉及的民事赔偿部分，如果达成司法协商分期付款协议且履行完毕，对于民事赔偿部分的处理可以视为完成。但刑事案件本身是否结案，主要取决于刑事诉讼的进程。

    - 刑事案件要经过侦查、审查起诉、审判等多个阶段，犯罪嫌疑人是否被追究刑事责任、是否完成刑罚执行等才是决定刑事案件是否结案的关键因素。即使犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成分期付款协议并履行，只要刑事诉讼程序尚未结束，案件就不会结案。

    - 例如，在一起故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人达成了民事赔偿的司法协商分期付款协议并履行完毕，但司法机关仍需对犯罪嫌疑人的刑事责任进行追究，要经过侦查、检察院审查起诉、法院审判等环节，只有当整个刑事诉讼程序结束，犯罪嫌疑人完成相应刑罚（如服刑期满等），案件才会真正结案。