司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下从民事诉讼、执行程序等方面为你分析：

    民事诉讼程序中达成调解并约定分期还款

    一般情况

   在民事诉讼过程中，双方当事人在法院主持下达成调解协议，约定了分期付款的内容。如果该调解协议得到完全履行，即债务人按照协议约定的时间和金额按时足额完成了每一期的付款义务，那么案件通常会以调解结案。法院会制作调解书，送达双方当事人，调解书生效后，案件即告终结。

    特殊情况

   若债务人在分期付款过程中出现违约，未按照调解协议的约定按时足额支付款项，债权人可以向法院申请强制执行。此时，案件不会因达成调解协议就直接结案，而是会进入执行程序。

    执行程序中达成和解并约定分期还款

    执行和解并履行完毕

   在执行程序中，双方当事人达成执行和解协议，约定了分期还款的方案。当债务人严格按照和解协议履行了全部还款义务后，法院会裁定执行终结，案件结案。

    执行和解后未履行或不完全履行

    - 如果债务人不履行或者不完全履行执行和解协议，债权人可以申请恢复执行原生效法律文书，也可以就履行执行和解协议向执行法院提起诉讼。这种情况下，案件不会结案，而是会继续处于执行程序或者进入新的诉讼程序。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款，法院审理过程中双方达成调解协议，约定乙分三期偿还借款。若乙按时支付了三期款项，案件以调解结案；若乙只支付了一期就不再支付，甲可以向法院申请强制执行。再如，在执行阶段，双方达成执行和解分期还款，乙按约还款完毕则执行终结结案；若乙违约，甲可恢复执行原判决或起诉要求乙履行和解协议。