司法协商分期付款后，案件通常会按照不同情况有不同的处理结果，大部分情况下会以结案的方式处理，但也具有一定的复杂性，以下为你详细分析：

    一般会结案的情况

    民事诉讼

   在民事案件中，当双方达成司法协商分期付款协议，并且该协议经过法院确认（比如通过制作调解书），在债务人按照协议约定的时间和金额按时履行还款义务后，案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，经法院主持调解，双方达成协议，乙分 5 期偿还，每期 2 万元。乙依约履行完所有还款义务后，法院会终结该案件的执行程序，并进行结案处理。

    刑事附带民事诉讼

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成分期付款协议，被告人按照协议履行赔偿义务，刑事部分也经过相应的审判程序作出判决且生效后，整个案件会正常结案。

    不一定结案的情况

    未按协议履行

   如果在司法协商分期付款过程中，债务人没有按照协议约定按时、足额还款，那么债权人可以向法院申请恢复执行原生效法律文书。此时，案件不会结案，而是会重新进入执行程序。

   比如，在上述甲乙的案例中，乙支付了前两期后就不再履行还款义务，甲有权向法院申请恢复执行，法院会根据具体情况采取相应的执行措施，如查询、冻结、划拨乙的财产等。

    存在后续争议

   即使达成了分期付款协议，在履行过程中双方可能就协议的条款解释、履行方式等产生新的争议。这种情况下，案件可能无法顺利结案，需要再次通过协商、调解或诉讼等方式解决新的争议。