司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看，以下为你详细分析：

    可能会结案的情形

    执行和解分期履行

   在执行程序中，双方当事人达成和解协议，约定分期付款。如果被执行人按照和解协议的约定，按时、足额履行了分期还款义务，那么执行法院通常会裁定终结执行程序，案件就此结案。

   例如，在一个债务纠纷的执行案件中，法院判决被告偿还原告100万元，进入执行阶段后，双方达成和解协议，约定被告分5期，每期偿还20万元。被告严格按照协议履行了全部还款义务，法院就会结案。

    诉讼中和解分期履行并撤诉

   在诉讼过程中，原被告双方达成和解，约定被告分期付款，同时原告向法院申请撤诉。经法院审查，撤诉申请符合法律规定的，法院会裁定准许撤诉，案件也就此终结。

   比如，甲起诉乙要求支付货款，在审理过程中，甲乙协商一致，乙分三次付清货款，甲随后向法院申请撤诉，法院裁定准许后，案件结案。

    一般不会结案的情形

    执行和解未完全履行

   在执行和解分期履行过程中，如果被执行人没有按照和解协议的约定履行义务，比如出现逾期还款、少还款等情况，申请执行人可以申请恢复对原生效法律文书的执行，此时案件不会结案，法院会继续执行程序。

   例如，在上述债务纠纷执行案件中，被告支付了前两期共40万元后，第三期未能按时支付，原告就可以申请恢复执行，法院会继续采取强制措施要求被告履行剩余债务。

    未申请撤诉

   在诉讼中和解并约定分期付款，但原告没有向法院申请撤诉的情况下，案件不会自动结案。法院会根据诉讼程序的推进，继续审理案件，直至作出判决。

   比如，甲乙在诉讼中达成了分期付款的和解协议，但甲没有及时向法院申请撤诉，法院可能会按照正常的庭审程序进行审理并作出裁判。