司法协商分期付款后一般会结案，但具体情况需要分不同的司法程序来看：

    民事诉讼程序

    在法院调解下达成分期付款协议

   在民事诉讼中，如果双方当事人在法院的主持下达成了分期付款的调解协议，法院会制作调解书。当双方当事人签收调解书后，调解书即具有法律效力。通常而言，法院会将该案件作结案处理。因为双方已就纠纷的解决方式达成一致，且法院的调解工作已完成。

   例如，甲起诉乙偿还借款，在法院调解下，双方达成乙分三期偿还借款的协议，法院据此制作调解书，双方签收后，案件按调解结案。

    自行达成分期付款和解协议并申请撤诉

   若当事人在诉讼过程中自行达成分期付款的和解协议，原告可以向法院申请撤诉。法院裁定准许撤诉后，案件也会结案。不过，这种情况下原告需要承担一定风险，若被告后续不履行和解协议，原告虽然可以再次起诉，但会增加时间和精力成本。

    在执行阶段达成分期付款和解协议

   如果案件已经进入执行程序，双方达成执行和解协议，约定分期付款。一般情况下，法院可以根据不同情况进行处理：

    终结执行程序 ：当申请执行人与被执行人达成和解协议后，申请执行人可以向法院申请终结执行，法院审查后若符合规定，会裁定终结执行，此时案件在执行程序上结案。但如果被执行人不履行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书。

    终结本次执行程序 ：法院也可能会以终结本次执行程序的方式结案。这意味着本次执行程序暂时告一段落，但法院仍会对被执行人的财产情况进行查控，一旦发现有可供执行的财产，申请执行人可以随时申请恢复执行。

    刑事附带民事诉讼程序

   在刑事附带民事诉讼中，如果附带民事诉讼的原告和被告就民事赔偿部分达成分期付款协议，并且该协议得到法院认可。刑事部分会按照刑事诉讼的程序继续进行审理和判决；而附带民事部分，若双方履行了相关手续，法院对附带民事部分通常会作结案处理。例如，在一些故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议，法院会在附带民事诉讼部分进行相应的结案操作。