司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    大概率会以执行和解等方式结案

   在民事案件进入执行程序后，如果双方当事人达成司法协商分期付款的协议，通常会以执行和解的方式处理。根据《最高人民法院关于执行案件立案、结案若干问题的意见》，当事人达成执行和解协议，需要长期履行的，可以以“终结执行”的方式结案。

   达成协议后，被执行人按照协议定期履行还款义务，从司法程序的角度，案件一般会作结案处理。例如，在借贷纠纷执行案件中，双方协商后确定被执行人每月偿还一定金额，直至还清欠款，法院会根据实际情况将案件按相关程序结案。

    仍可能恢复执行不结案

   如果在分期履行过程中，被执行人没有按照协议约定按时、足额还款，申请执行人有权向法院申请恢复执行原生效法律文书。一旦申请恢复执行，案件就会重新进入执行程序，不再处于结案状态。比如，双方约定每月10日还款5000元，但被执行人连续三个月未按时还款，申请执行人就可以申请恢复执行。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分可能结案

   在刑事案件中，如果涉及刑事附带民事诉讼，对于民事赔偿部分双方达成司法协商分期付款协议，且被告人按照协议履行赔偿义务，那么附带民事诉讼部分可以按照民事案件的相关方式结案。例如在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议并履行，附带民事诉讼部分可以结案，但刑事部分不受此影响。

    刑事部分一般不会因赔偿分期而结案

   刑事案件是国家对犯罪行为进行追诉，以惩罚犯罪、维护社会秩序。犯罪嫌疑人承担刑事责任是基于其犯罪行为，不会因为与被害人达成赔偿分期付款协议而终结刑事程序。只有当法院对被告人作出判决，且判决生效、执行完毕等法定程序完成后，刑事案件才会结案。

    行政案件

    行政赔偿等部分可能结案

   在行政案件中，如果涉及行政赔偿等内容，当事人达成司法协商分期付款协议并履行的，这部分争议可以结案。例如，在行政违法侵权案件中，行政机关与相对人就赔偿问题达成分期支付协议并履行，该赔偿争议部分可以结案。

    行政行为合法性审查部分按法定程序结案

   对于行政行为合法性审查的部分，法院会根据审理情况作出判决，如判决维持、撤销行政行为等，按照法定的裁判流程结案，不会因当事人之间关于赔偿等的分期协议而改变整个行政案件的结案方式。