司法协商分期付款后是否结案需要分情况来看：

    民事案件

    一般情况下可以结案

   在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商并确定了分期付款的方案后，如果该方案经过法院的司法确认（比如在法院主持下达成调解协议并由法院出具民事调解书），且债务人按照协议约定的时间和金额按时、足额履行了分期还款义务，那么案件通常会以执行完毕的方式结案。

   例如，在借款合同纠纷中，债权人起诉债务人要求偿还借款，双方在法院主持下达成调解，约定债务人分三期偿还欠款。债务人依约还清全部款项后，法院会终结执行程序，案件结案。

    可能不会立即结案

   如果债务人在履行分期付款协议过程中出现违约情况，比如未按时还款或者还款金额不足，债权人有权依据之前的司法文书（如调解书）向法院申请恢复执行。在这种情况下，案件就不会结案，而是会继续处于执行程序中，直到债务人按照约定履行完义务或者通过其他方式使纠纷得到最终解决。

   比如，上述借款合同纠纷中，债务人第二期未能按时还款，债权人就可以向法院申请恢复执行，要求债务人一次性偿还剩余全部欠款，此时案件将继续进行执行程序。

    刑事案件附带民事赔偿部分

    刑事部分不受影响

   刑事案件一旦启动，其刑事诉讼程序主要是为了追究犯罪嫌疑人的刑事责任，不会因为犯罪嫌疑人与被害人就民事赔偿达成分期付款协议而终结。即使犯罪嫌疑人积极履行民事赔偿的分期付款义务，刑事部分仍会按照法定程序进行，经过侦查、审查起诉、审判等环节，最终由法院对犯罪嫌疑人定罪量刑。

    民事赔偿部分类似民事案件处理

   对于刑事案件中的附带民事赔偿部分，如果双方达成了分期付款协议，且犯罪嫌疑人按照协议履行赔偿义务，那么附带民事部分可以结案。但如果犯罪嫌疑人违约，被害人可以通过法律途径要求其继续履行赔偿义务，案件在附带民事赔偿方面将继续处于未了结状态。

   例如，在故意伤害案件中，犯罪嫌疑人与被害人达成附带民事赔偿的分期付款协议，若犯罪嫌疑人按时支付每一期赔偿款，附带民事部分可以结案；若中途违约，被害人可向法院申请强制执行剩余赔偿款。