司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人在法院主持下达成了分期付款的调解协议，并且按照法定程序将调解协议内容记录在案，由双方当事人签字确认，法院制作调解书送达给双方。当双方都认可该调解方案并开始按照约定履行分期付款义务时，通常法院会以调解结案。

   例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院的调解下，双方达成乙分三期偿还借款的协议，法院据此制作调解书。此后，法院会将该案件作结案处理，案件状态会显示为调解结案。

    可能不结案

   如果只是当事人自行协商达成了分期付款协议，没有经过法院的司法确认程序，那么案件通常不会结案。因为法院没有参与到协议的形成过程，也无法确定该协议是否能够得到切实履行。只有当双方将自行协商的协议提交给法院，经法院审查符合规定并出具司法确认裁定书，或者按照该协议履行完毕并告知法院后，法院才会根据情况决定是否结案。

   另外，即使达成了司法调解的分期付款协议，但在履行过程中一方不按照协议履行，另一方有权向法院申请强制执行，此时案件会进入执行程序，原诉讼案件虽然在形式上已结案，但执行案件仍然处于未结状态。

    刑事附带民事诉讼

    通常会结案

   在刑事附带民事诉讼中，如果就民事赔偿部分达成了分期付款协议并得到法院认可，刑事部分如果已经审理完毕，整个案件一般会以判决或者调解的方式结案。例如在一些故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成了分期赔偿的协议，法院会在刑事判决中对附带民事部分的调解情况予以说明，之后案件会按程序结案。

    特殊情况不结案

   如果刑事案件本身还在侦查、审查起诉等阶段，即便附带民事部分达成了分期付款协议，整个刑事附带民事诉讼案件也不会结案，要等到刑事部分的程序全部完成，整个案件才会有最终的处理结果并结案。