司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况会结案

   在民事纠纷中，当双方当事人达成司法协商并确定分期付款方案后，一般意味着双方就争议事项达成了和解。如果该和解协议得到法院的认可，并且按照相关程序进行处理，案件通常会以调解或和解的方式结案。

   例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，双方在法院主持下达成了分期付款的调解协议。法院会根据双方协议内容制作民事调解书，送达双方当事人后，该案件就会按调解方式结案。此后，若被告按照调解书约定的分期还款计划按时履行还款义务，整个纠纷就圆满解决，不会再继续处于诉讼程序中。

    存在不结案的可能

   若达成的分期付款协议只是双方私下协商，并未通过法院制作具有强制执行力的法律文书（如调解书）来固定，那么案件可能不会立即结案。另外，即使有法院的调解书等文书，如果债务人在后续分期履行过程中出现违约，未按照约定的期限和金额付款，债权人有权向法院申请强制执行，此时案件会因执行程序的启动而重新进入司法流程，不能算真正意义上的完全结案。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   在刑事附带民事诉讼中，对于民事赔偿部分，双方可以协商分期付款。若达成协议并履行，刑事附带民事诉讼部分通常会结案。例如，在故意伤害案件中，被告人对被害人造成了人身伤害，被害人提起刑事附带民事诉讼要求赔偿医疗费、误工费等损失。双方就赔偿金额和分期付款方式达成一致，且该协议得到法院确认后，附带民事诉讼部分会按照调解等方式结案，但刑事案件的刑事部分仍会按照法定程序继续进行审理和判决。

    刑事案件整体

   刑事案件涉及对犯罪行为的惩处，一般不能因犯罪嫌疑人与被害人达成赔偿的分期付款协议而直接结案。犯罪行为侵害的不仅是被害人的个人权益，还破坏了社会秩序和法律尊严，需要由国家司法机关依据法律规定进行追诉。即使犯罪嫌疑人积极与被害人协商赔偿并达成分期付款协议，也只能作为量刑情节予以考虑，而不能免除其刑事责任，刑事案件会继续按照侦查、审查起诉、审判等程序推进。