司法协商分期付款后是否会结案需要分情况来看，以下从不同的司法程序为你详细分析：

    民事诉讼程序

    一般会结案

   在民事诉讼中，当双方达成司法协商分期付款的协议后，通常会以以下两种方式结案：

    原告撤诉 ：如果在诉讼过程中，双方在法院的主持下或自行达成了分期付款的和解协议，原告可以向法院申请撤诉。法院经审查认为撤诉符合法律规定的，会裁定准许撤诉，此时案件就会结案。例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院审理过程中，乙与甲协商并达成了分三期还款的协议，甲随后向法院申请撤诉，法院准许后案件即终结。

    法院出具调解书 ：若双方在法院的参与下达成分期付款的调解协议，法院会根据该协议制作调解书。调解书经双方当事人签收后，即具有法律效力，等同于法院的生效判决，案件也会随之结案。比如在合同纠纷案件中，双方在法官的调解下就货款支付达成了分期付款的方案，法院据此制作调解书，双方签收后案件结束。

    可能不结案

   如果在达成分期付款协议后，义务人未按照协议约定履行付款义务，那么案件可能不会真正结案。权利人可以向法院申请强制执行之前的生效法律文书（如判决书、调解书）。例如，在上述乙分期偿还甲借款的案例中，乙第一期就未按时还款，甲有权向法院申请强制执行调解书的内容，此时案件会进入执行程序，并未真正意义上结案。

    刑事附带民事诉讼程序

    通常会结案

   在刑事附带民事诉讼中，若民事赔偿部分达成了分期付款的协商结果，并且该协商经过了司法程序的确认（如法院制作了调解书），在刑事部分的判决生效且民事赔偿按照协议正常履行的情况下，案件会结案。例如，在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成了分期付款协议，法院对刑事部分作出判决，同时对民事赔偿协议进行确认并制作调解书，双方按照协议履行后，整个刑事附带民事诉讼案件终结。

    存在不结案风险

   同样，如果被告人未按分期付款协议履行赔偿义务，被害人可以向法院申请强制执行。而且，不履行赔偿协议可能会影响被告人在刑事方面的量刑情节（如果之前考虑了赔偿因素给予从轻处罚），案件也不会真正结束。

    执行程序

    达成和解协议并履行完毕会结案

   在执行程序中，双方当事人达成分期付款的执行和解协议，并且被执行人按照协议约定全部履行完毕付款义务后，法院会以执行完毕方式结案。例如，法院在执行丙对丁的债务纠纷案件时，双方达成了分五年分期付款的和解协议，丁在五年内按照协议还清了全部债务，法院会终结执行程序。

    达成协议但未履行或不完全履行不结案

   若被执行人不履行或不完全履行执行和解协议，申请执行人可以申请恢复执行原生效法律文书，法院会继续执行程序，案件不会结案。比如丁在履行分期付款协议过程中，第三年开始就不再还款，丙有权申请恢复执行，法院会重新启动执行措施。