司法协商分期付款后案件通常会结案，但具体情况需要分不同场景来看：

    民事诉讼

    一般会结案

   在民事诉讼中，如果双方当事人达成司法协商分期付款协议，并且按照以下流程操作，案件大概率会结案：

    - 双方达成一致后，一般会形成书面的调解协议，经法院确认后制作民事调解书。民事调解书与判决书具有同等法律效力。如果债务人按照调解书中约定的分期还款计划按时、足额履行还款义务，那么债权人的权利得到实现，法院通常会将该案件作结案处理。

    - 例如，甲起诉乙要求偿还借款 10 万元，在法院主持下，双方达成调解协议，乙分 5 期偿还借款，每月还款 2 万元。乙依约履行了全部还款义务后，法院会终结该案件的执行程序，进行结案。

    可能不结案

    - 如果债务人在分期还款过程中出现违约，未按照协议约定的时间和金额还款，那么债权人可以依据调解书向法院申请强制执行。此时，案件会重新进入执行程序，不会结案，直到债务人履行完全部义务或者出现其他法定的结案情形。

    - 比如上述案例中，乙在偿还了 3 期后就不再还款，甲有权向法院申请强制执行乙的财产，案件会继续处于执行状态。

    刑事案件附带民事赔偿

    民事部分可能结案

   在刑事案件中，如果涉及附带民事诉讼，犯罪嫌疑人或其家属与被害人就民事赔偿部分达成司法协商分期付款协议。当犯罪嫌疑人一方按照协议履行赔偿义务后，附带民事诉讼部分通常会结案。

    刑事部分不受影响

   刑事案件的刑事部分是由国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人进行追诉，其处理结果不受民事赔偿分期付款协议的影响。即使民事赔偿部分达成协议并履行，犯罪嫌疑人仍需承担相应的刑事责任，刑事诉讼程序会按照法律规定继续进行，直至作出刑事判决。

    - 例如，丙因故意伤害丁被提起公诉，同时丁提起附带民事诉讼要求丙赔偿医疗费等损失。丙与丁达成分期付款赔偿协议并依约履行，附带民事诉讼部分可以结案，但丙仍要接受法院对其故意伤害行为的刑事审判。