司法协商分期付款后是否会结案，需要分情况来看：

    民事案件

    一般会结案

   在民事案件中，如果双方当事人在司法机关（通常是法院）的主持下达成了分期付款的协商协议，并且该协议得到顺利履行，那么案件通常会以结案处理。

   以民间借贷纠纷为例，原告起诉被告要求偿还借款，在法院审理过程中，双方达成了被告分若干期偿还借款的协议。被告按照协议约定的时间和金额按时还款，当全部款项还清后，法院会终结该案件的执行程序或者以调解结案的方式对案件进行处理，在法院的系统中该案件会显示结案状态。

    可能不结案

   若在达成分期付款协议后，债务人没有按照协议履行还款义务，债权人可以向法院申请恢复执行。比如在上述民间借贷案例中，被告只偿还了第一期款项，之后就不再履行协议，此时原告有权向法院申请恢复对原生效法律文书的执行，那么案件就不会结案，而是继续处于执行程序中。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

   与民事案件类似，如果在刑事附带民事诉讼中，双方就民事赔偿部分达成了分期付款的协议，且被告人按照协议履行赔偿义务，那么附带民事诉讼部分可以结案。例如在故意伤害案件中，被害人提起附带民事诉讼要求被告人赔偿医疗费、误工费等损失，双方达成了分期赔偿协议，被告人依约赔偿完毕后，附带民事诉讼部分会结案，但刑事案件本身的刑事处罚部分不受此影响。

    刑事案件本身

   刑事案件通常是由国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人提起诉讼，目的是追究犯罪嫌疑人的刑事责任。一般情况下，不会因为犯罪嫌疑人与被害人达成赔偿的分期付款协议就结案。不过，如果犯罪嫌疑人积极履行赔偿协议，取得被害人的谅解，这在量刑时可能会作为从轻处罚的情节予以考虑，但案件仍会按照刑事诉讼程序继续进行，直至作出最终的刑事判决。