非婚生子有出生证明的情况下，给孩子上男方户口还被要求做亲子鉴定，通常有以下几方面原因：

    防止户籍管理漏洞

   在户籍管理中，需要确保孩子与申报户口一方存在真实的血缘关系，以防止出现冒名登记、虚假申报等情况。非婚生育的情况下，没有婚姻关系作为相对明确的家庭关系佐证，仅凭借出生证明可能无法完全准确地确定孩子与男方的亲子关系。例如，可能存在他人冒用男方身份为孩子申报户口的情况，通过亲子鉴定可以从科学层面准确验证亲子关系，保障户籍信息的真实性和准确性。

    出生证明信息存在瑕疵

   虽然有出生证明，但如果出生证明上的信息存在不完整、不准确或者与实际情况有出入的情况，比如出生证明上父亲信息登记错误、不清晰，或者出生证明本身的合法性、有效性存疑等，公安机关为了谨慎起见，会要求通过亲子鉴定来进一步确认孩子与男方的亲子关系，以保证户口登记的正确性。

    遵循相关政策法规要求

   不同地区对于非婚生子女户口登记可能有不同的具体政策和操作规范。有些地方的户籍管理政策明确规定，非婚生育的子女随父落户时，除了出生证明外，还需要提供亲子鉴定证明，这是为了规范户口登记程序，加强对人口信息的管理，避免因非婚生育可能带来的一系列社会和法律问题。例如，防止通过虚假的亲子关系登记来获取某些利益或者逃避相关责任等。

   如果遇到这种情况，你可以积极配合进行亲子鉴定，按照当地户籍部门的要求完成相关手续，以便顺利为孩子办理户口登记。