当遇到没有签劳动合同但员工恶意申请劳动仲裁的情况，可以从以下几个方面应对：

    证据收集与准备

   1. 证明劳动关系的实际情况

    - 虽然未签订书面劳动合同，但收集能证明员工实际工作内容、工作时间、工作安排等方面的证据。例如考勤记录，包括纸质考勤表、电子考勤记录等，以此说明员工的工作时长和出勤情况；工作任务分配邮件、工作汇报文件等，证明员工的工作内容和职责。

    - 收集员工领取工资的相关证据，如银行工资流水明细，明确工资发放的时间、金额和发放主体，即使没有劳动合同，工资发放记录也是证明劳动关系的重要依据。

   2. 证明不存在恶意欠薪或违规行为

    - 整理公司与员工就工资、福利等问题的沟通记录，如聊天记录、会议纪要等，证明公司在薪资待遇等方面一直与员工保持正常沟通，不存在故意拖欠工资或不履行承诺的情况。

    - 若公司有相关的规章制度，且员工知晓并实际遵守，收集员工参与公司制度培训的记录、员工手册签收单等，证明公司的管理是规范且透明的。

    法律依据梳理

   1. 依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，了解仲裁的程序和规则。如果员工的申请存在程序上的瑕疵，如超过仲裁时效等，可以在仲裁过程中提出异议。

   2. 对于未签订劳动合同需支付双倍工资的规定，虽然《劳动合同法》规定用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。但如果能证明是员工拒绝签订劳动合同，根据《劳动合同法实施条例》第五条规定，自用工之日起一个月内，经用人单位书面通知后，劳动者不与用人单位订立书面劳动合同的，用人单位应当书面通知劳动者终止劳动关系，无需向劳动者支付经济补偿，但是应当依法向劳动者支付其实际工作时间的劳动报酬。

    积极参与仲裁过程

   1. 按时参加仲裁庭审

   按照仲裁委通知的时间和地点，准时参加仲裁庭审，遵守庭审纪律。在庭审过程中，尊重仲裁员和对方当事人，理性陈述公司的观点和事实。

   2. 清晰阐述观点和理由

   在庭审中，详细说明公司与员工之间的实际情况，解释未签订劳动合同的原因（如员工拒绝签订等）。对于员工提出的不合理诉求，提供相应的证据进行反驳，依据法律规定和事实情况，维护公司的合法权益。

    后续措施

   1. 加强劳动合同管理

   无论仲裁结果如何，都要重视劳动合同的签订和管理工作。完善劳动合同签订流程，确保新员工入职后及时签订劳动合同，并妥善保管相关文件。

   2. 建立劳动纠纷预警机制

   定期对公司的劳动用工情况进行检查和评估，及时发现潜在的劳动纠纷风险，并采取相应的措施加以解决。加强对员工的法律宣传和教育，提高员工的法律意识和遵守规章制度的自觉性。

   如果对仲裁过程和法律适用等问题不确定，建议咨询专业的劳动法律师，以获得更准确的法律建议和支持。