司法协商分期付款后是否结案需要分情况来看：

    民事案件

    通常情况

    - 在民事案件中，如果双方当事人在司法程序（如诉讼过程中或执行阶段）达成了分期付款的协商协议，并且该协议得到了法院的认可（比如制作了调解书或者执行和解协议入卷等）。当债务人按照协议约定的时间和金额，按时、足额完成了全部款项的支付后，案件一般会结案。

    - 例如，在民间借贷纠纷中，原告起诉被告要求偿还借款，在法院主持下双方达成了分期还款的调解协议，被告按照协议分三期还清了全部借款本息，此时法院会终结该民事案件的审理或执行程序。

    特殊情况

    - 如果债务人在分期付款过程中出现违约行为，没有按照协议的约定按时、足额还款，那么案件不会结案。债权人可以依据之前的生效法律文书或者调解协议等，向法院申请恢复执行或者要求违约方承担违约责任等。比如在上述民间借贷案件中，被告第二期款项逾期未还，原告就可以向法院申请恢复执行原判决或者要求被告一次性还清剩余款项等。

    刑事案件

    刑事附带民事诉讼部分

    - 刑事附带民事诉讼中涉及民事赔偿的部分，如果原被告双方就赔偿金额达成了分期付款的协议，当被告人按照协议履行完毕赔偿义务后，附带民事诉讼部分会相应结案。但刑事案件本身的刑事处罚部分不受影响，依然会按照法律规定对被告人进行定罪量刑。例如在故意伤害案件中，被告人与被害人就民事赔偿达成分期赔偿协议，被告人履行完赔偿义务，附带民事诉讼终结，但刑事部分还是会按照法律程序对被告人的故意伤害行为进行审判和处罚。

    不存在所谓“结案”概念

    - 刑事案件是国家公诉机关代表国家对犯罪嫌疑人进行追诉，不存在犯罪嫌疑人与被害人通过协商分期付款来结案的情况。犯罪嫌疑人承担刑事责任是基于其犯罪行为对社会秩序和公共利益的侵害，不能通过与被害人的私下协商而免除。比如在盗窃罪中，即使犯罪嫌疑人与被害人达成了赔偿分期付款协议，司法机关依然会对其盗窃行为进行侦查、起诉和审判。