非婚生子有出生证明，但上男方户口时仍要求做亲子鉴定，通常有以下几方面原因：

    防止户籍登记错误或违规行为

    避免虚假出生证明 ：在现实中，存在一些人通过非法途径获取虚假出生证明的情况。非婚生育本身在人口管理上相对复杂，为了确保出生证明的真实性和孩子与男方之间的亲子关系属实，避免有人利用虚假证明为孩子违规落户，所以需要通过亲子鉴定来进行核实。

    保障户籍信息准确性 ：准确的户籍信息对于社会管理、公共服务资源分配等方面至关重要。通过亲子鉴定可以精准确定孩子的生物学父亲，保证户籍登记的信息与实际亲子关系一致，避免出现户籍信息混乱或错误，维护户籍管理的严肃性和权威性。

    遵循相关法律和政策规定

    保护男方合法权益 ：从法律角度看，确认亲子关系是保障男方合法权益的重要环节。通过亲子鉴定可以明确男方与孩子的亲子关系，避免他人冒认父亲身份，给男方带来不必要的法律责任和经济负担。同时，也能保障男方在涉及子女抚养权、探视权、财产继承等方面的合法权益。

    符合户籍管理政策 ：各地户籍管理部门为了规范户口登记工作，通常会依据相关法律法规和政策要求，对于非婚生子女落户设置严格的审核程序。在没有婚姻关系作为直接证明的情况下，亲子鉴定是一种科学、可靠的证明亲子关系的方式，符合户籍管理政策的规定。

    保障孩子合法权益

    确保孩子权益落实 ：明确亲子关系有助于孩子在医疗、教育、社会保障等方面享受到应有的权益。例如，在一些地区，孩子的医保、入学等可能与父母的户籍和亲子关系相关。通过亲子鉴定确定亲子关系后，孩子可以更顺利地享受这些权益，保障其健康成长和发展。

    避免后续纠纷 ：提前通过亲子鉴定明确亲子关系，可以避免日后在孩子成长过程中可能出现的亲子关系纠纷。例如，在涉及抚养权变更、抚养费支付、财产分割等问题时，清晰的亲子关系证明可以减少争议和法律诉讼，为孩子创造一个稳定的成长环境。