权利商标已被撤三生效后，无效宣告仍应当审理。具体分析如下：
一、撤三与无效宣告的法律依据与性质不同

1. 撤三：依据《商标法》第四十九条，针对无正当理由连续三年不使用的注册商标，任何单位或个人可申请撤销。其核心在于督促商标使用，避免资源闲置。
2. 无效宣告：依据《商标法》第四十四条、第四十五条，针对违反绝对禁止条款（如缺乏显著性、欺骗性）、相对禁止条款（如侵犯在先权利）、恶意抢注等情形的商标，可由商标局依职权或经其他单位、个人申请由商标评审委员会宣告无效。其核心在于维护商标注册的合法性与公平性。
   二、撤三生效不影响无效宣告的审理
3. 法律程序独立：撤三与无效宣告是两种独立的法律程序，撤三的生效仅表明商标因未使用而被撤销，但并不排除商标可能存在其他无效情形（如侵犯在先权利）。因此，即使商标已被撤三生效，若存在其他无效理由，无效宣告仍应依法审理。
4. 审查范围不同：撤三审查主要关注商标的使用情况，而无效宣告审查则全面审查商标是否违反《商标法》的相关规定。两者审查范围不同，撤三的生效并不构成对无效宣告审查的障碍。
   三、无效宣告审理的特殊情形
5. 中止审查：根据《商标法》第四十五条，若无效宣告审查过程中涉及的在先权利确定必须以人民法院正在审理或行政机关正在处理的另一案件结果为依据，商标评审委员会可中止审查。中止原因消除后，应恢复审查程序。
6. 部分无效：若商标仅在部分商品或服务上存在问题，商标评审委员会可裁定部分无效而非整体无效。