盗窃案中，即便赔偿了款项且公安已立案，但若犯罪嫌疑人死亡，则不会留下案底。具体分析如下：

1. 案底的定义与影响：案底通常指某人因犯法或犯罪行为被法院判定有罪并存档的记录，在我国法律体系中特指有过刑事犯罪前科的档案记录，一般由公安部门保存。案底的存在可能会对个人的信用记录、就业、社会评价等方面产生不利影响。
2. 犯罪嫌疑人死亡的法律后果：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条第五项规定，犯罪嫌疑人、被告人死亡的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪。这意味着，在犯罪嫌疑人死亡的情况下，案件将不会进入审判阶段，因此不会留下案底。
3. 赔偿与案底的关系：虽然赔偿款项可能表明犯罪嫌疑人对犯罪行为的悔过态度，并可能在一定程度上影响量刑或案件的处理方式，但它并不决定是否会留下案底。案底的形成主要取决于法院是否对犯罪嫌疑人作出有罪判决。在犯罪嫌疑人死亡的情况下，由于案件无法继续进行，因此不会形成有罪判决，也就不会留下案底。