若第二次起诉离婚开庭时男方不到庭，法院通常会根据缺席判决的原则进行处理。这意味着，如果男方无正当理由拒不到庭，法院可以依据现有证据和情况作出判决。

1. 缺席判决的法定情形：根据法律规定，当事人在接到法院的开庭通知后，应当按时到庭参加诉讼。如果无正当理由拒不到庭，法院有权进行缺席判决。这是为了保障诉讼的顺利进行，防止因一方当事人的缺席而拖延诉讼进程。
2. 男方缺席的影响：在离婚诉讼中，男方的缺席并不会阻止法院作出判决。法院会依据原告提供的证据和陈述，以及被告的缺席情况，综合判断夫妻感情是否确已破裂，从而作出是否准予离婚的判决。如果男方有特殊情况无法出庭，应提前向法院提交书面意见，说明缺席的理由。
3. 法院的处理方式：在男方缺席的情况下，法院会仔细审查原告提交的证据，包括夫妻感情破裂的证据、子女抚养和财产分割等方面的证据。如果证据充分且符合法律规定，法院有可能会作出准予离婚的判决。同时，法院也会考虑被告的缺席是否对判决结果产生实质性影响，以确保判决的公正性和合法性。
   综上所述，第二次起诉离婚开庭时男方不到庭，法院会根据缺席判决的原则进行处理。男方应当尊重法律程序，按时到庭参加诉讼，以维护自己的合法权益。如果确实有特殊情况无法出庭，应提前向法院说明并提交书面意见。