超过申请执行期限后重新出具借条是合法的，该行为构成新的债权债务关系。以下是对此问题的详细分析：
一、申请执行期限的法律后果

1. 定义与规定：申请执行期限是权利人向法院申请强制执行生效法律文书的时间限制，通常为二年，依据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。
2. 超期后果：超过此期限，法院可能受理执行申请，但若被执行人提出时效异议且异议成立，法院将裁定不予执行。超期并不导致实体权利消灭，债权人仍享有债权，只是丧失了通过法院强制执行的公力救济途径。
   二、重新出具借条的性质与效力
3. 性质：重新出具的借条是对原债权债务关系的重新确认或调整，构成一个新的债权债务合同。
4. 效力：新借条具有法律效力，债权人可据此主张权利。其出具会导致诉讼时效的重新计算，为债权人提供了新的法律救济途径。
5. 合法性要求：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权按照自己的意愿依法行使民事权利。只要双方当事人具备相应的民事行为能力，意思表示真实，且行为不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，该行为即合法有效。
   三、实际操作中的注意事项
6. 内容合法性：新借条的内容必须合法，包括借款利率不得超出法定范围等。
7. 原债务的存在：新借条的出具并不意味着原债务自动消失，原债务依然存在，只是可能因超期而难以通过法律手段直接追讨。
8. 诉讼时效：债权人需注意新借条的诉讼时效问题，确保在法定期限内行使权利。