货运肇事车辆上的货物处理需根据具体情况，遵循相关法律规定与程序进行，以确保各方权益得到妥善保障。
一、货物所有权归属决定处理方式

1. 属于货主所有：若货物为第三方货主所有，执法部门在扣留肇事车辆时，应通知货主，并提供提货凭证，允许其取回货物。
2. 属于车主所有：若货物归车主所有且不影响案件调查，车主可申请取回；若货物与案件相关，则需暂扣至结案，以确保案件调查的顺利进行。
   二、具体处理流程
3. 清点登记：执法部门在扣留车辆时，应对车内货物进行详细清点，并制作清单，记录货物名称、数量及状态，由在场人员签字确认，以确保货物处理的透明性与公正性。
4. 通知权利人：通过车辆行驶证、货运单据等线索，及时联系货主或车主，告知货物暂存情况及领取程序，保障其知情权。
5. 分类处置：根据货物性质进行分类处理，如易腐物品优先处理，可协调货主提前领取或安排转运；危险物品立即移交专业机构保管；其他普通货物则按正常流程封存。
6. 费用承担：货物保管期间产生的仓储费原则上由车主承担，但若因执法部门过错导致货物损失，则需依法赔偿，以维护货主权益。
   三、法律救济途径
   若货主对货物处理结果有异议，可在法定期限内提起行政复议或行政诉讼，通过法律途径维护自身权益。