能否同时申请建两栋房子，需要综合多方面因素判断，以下为你详细分析：

    符合分户建房条件

    一般政策规定 ：在很多农村地区，遵循“一户一宅”原则。若夫妻双方离婚后户口已分开，各自独立成户，且均符合当地分户建房的条件，比如双方在本村没有其他宅基地，人均住房面积低于当地规定标准等，那么从政策允许分户建房的角度，是有可能分别申请宅基地建房的。例如，甲村规定人均住房面积低于30平方米的本村村民可申请新的宅基地建房，离婚后的夫妻双方各自家庭人均住房面积都低于此标准，就满足了这一基本条件。

    申请流程 ：通常需要向所在村集体经济组织提出宅基地和建房（规划许可）申请，经村民小组会议讨论通过并公示，再由村级组织签署意见，报送乡镇政府相关部门进行审批。

    土地规划与用途限制

    土地性质 ：即便满足分户建房条件，还需考虑土地性质。如果原房屋所在土地属于农用地，在未依法办理农用地转用审批手续的情况下，是不能随意建房的。比如，该地块被规划为耕地，那就必须按照规定先办理农用地转用手续，将其转为建设用地后才可能用于建房。

    乡村规划 ：要符合当地的乡村规划。乡村规划会对村庄的布局、建筑风貌、建设区域等进行明确规定。如果原房屋所在区域被规划为公共设施用地、绿化用地等非住宅建设区域，即使夫妻双方符合分户建房条件，也无法获批建房。例如，当地规划将该区域用于建设公园，就不能再建设住宅。

    其他限制因素

    建房指标 ：有些地方会对一定时期内的建房指标进行限制。即使夫妻双方符合分户建房条件且土地符合规划要求，但如果当地建房指标已经用完，那么可能暂时无法获批建房。

    生态保护等特殊规定 ：如果原房屋所在地属于生态保护区、风景名胜区等特殊区域，可能会有更为严格的建设管控要求，建房申请可能会受到限制。比如，在自然保护区的实验区内建房，需要经过相关部门的严格审批，并且要符合生态保护的要求。

   综上所述，夫妻双方离婚户口分开且房屋分割后，不一定能同时申请建两栋房子，需结合当地具体政策、土地情况等多方面因素综合判断。