当公司转让后被查出变更前存在偷税漏税和虚开增值税等违法行为，可按以下不同主体情况来处理：

    对公司的处理

    承担行政责任

    - 根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，纳税人偷税的，由税务机关追缴其不缴或者少缴的税款、滞纳金，并处不缴或者少缴的税款百分之五十以上五倍以下的罚款。如果是虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款。

    - 即使公司变更了法人和名称，其作为纳税主体的法律责任是延续的，税务机关依然会对现公司进行追缴税款、滞纳金以及罚款等处罚。

    可能面临刑事责任

    - 《中华人民共和国刑法》规定，纳税人采取欺骗、隐瞒手段进行虚假纳税申报或者不申报，逃避缴纳税款数额较大并且占应纳税额百分之十以上的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大并且占应纳税额百分之三十以上的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。

    - 虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。

    对原法定代表人及相关责任人的处理

    行政责任

    - 如果税务机关认定原法定代表人或者其他相关责任人在偷税漏税和虚开增值税行为中存在直接责任，可能会对其个人进行行政处罚，如罚款等。

    刑事责任

    - 如果违法行为构成犯罪，原法定代表人及相关直接责任人员可能会被依法追究刑事责任。例如，在单位犯罪中，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依照相应的罪名进行量刑处罚。

    对新法定代表人及现公司的权利救济

    如果在公司转让过程中存在合同约定

    - 若新法定代表人在收购公司时与原股东或转让方签订的合同中明确约定了税务问题的责任承担，现公司在承担了税务处罚后，可以依据合同向原股东或转让方进行追偿。

    积极配合调查

    - 现公司应积极配合税务机关的调查工作，提供相关的财务资料和信息，以争取从轻处理。同时，可以聘请专业的税务律师，对税务机关的处罚决定进行评估，若认为处罚不合理，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。