派出所扣留公民超过48小时可能存在多种原因，以下为你详细分析：

    治安案件中的情况

    案件复杂且符合规定程序 ：在办理治安案件时，正常情况下，对违反治安管理行为人，公安机关传唤后询问查证的时间不得超过八小时；情况复杂，依照《治安管理处罚法》规定可能适用行政拘留处罚的，询问查证的时间不得超过二十四小时。

   但如果案件特别复杂，涉及多人、多起违法行为等，在经过严格的审批程序后，有可能延长扣留时间以确保全面、准确地查明案件事实。不过目前治安案件中并没有法律明确规定可以超过24小时继续扣留。

    存在鉴定等特殊环节 ：如果在案件调查过程中需要对相关物品、伤情等进行鉴定，鉴定期间不计入询问查证时间。例如，在一些涉及伤害的治安案件中，需要对伤者的伤情进行司法鉴定，确定是否构成轻伤及以上。在等待鉴定结果的过程中，可能导致实际扣留时间超过了原本预计的时间。

    刑事案件中的情况

    延长拘留期限 ：

    - 对于被拘留的犯罪嫌疑人，如果认为需要逮捕的，应当提请人民检察院审查批准。公安机关对被拘留的人，认为需要逮捕的，应当提请人民检察院审查批准。在特殊情况下，提请审查批准的时间可以延长一日至四日。

    - 对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以延长至三十日。加上人民检察院审查批准逮捕的七日，最长拘留时间可以达到三十七日。例如，在一些系列盗窃案件中，犯罪嫌疑人可能涉及多地作案，公安机关需要时间进行调查取证和核实犯罪事实，就可能会延长拘留期限。

    补充侦查或调查新线索 ：在侦查过程中，如果发现犯罪嫌疑人还有其他犯罪事实或者新的线索需要进一步调查，可能会导致扣留时间延长。比如，在调查一起诈骗案件时，发现犯罪嫌疑人可能还参与了另一起诈骗活动，公安机关需要重新开展调查工作，收集相关证据，这就可能使得犯罪嫌疑人被扣留的时间超过48小时。

    其他可能的原因

    通知家属或单位存在困难 ：根据法律规定，公安机关应当及时将传唤的原因和处所通知被传唤人家属。但如果存在无法联系到家属、家属拒绝配合等情况，可能会在一定程度上影响后续程序的推进，导致表面上扣留时间延长。

    法律适用争议或程序衔接问题 ：在实际执法过程中，可能会出现对案件适用法律存在争议，或者不同执法环节之间的程序衔接出现问题等情况，从而导致扣留时间超出正常预期。

   如果公民认为自己被派出所超期扣留，其本人或家属有权要求公安机关说明理由，并可以通过合法途径维护自身权益，如向公安机关的上级部门反映情况、申请行政复议或提起行政诉讼等。