在这种情况下，虽然抚养权归男方，但实际由女方抚养，有以下几个方面的法律要点和处理建议供你参考：

    法律分析

   1. 抚养义务履行与变更抚养权的依据

   从法律层面来看，抚养权的归属并不等同于实际的抚养行为。男方虽然拥有抚养权，但女方实际履行了抚养孩子的义务。根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果出现与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或者其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响等情形，另一方要求变更子女抚养关系的，人民法院应予支持。在你描述的情况中，男方未实际抚养孩子，女方可以以此为理由，向法院提起变更抚养权的诉讼。

   2. 抚养费问题

   女方实际抚养孩子，男方作为拥有抚养权却未履行抚养义务的一方，应当支付孩子的抚养费。抚养费的数额，可根据子女的实际需要、父母双方的负担能力和当地的实际生活水平确定。有固定收入的，抚养费一般可以按其月总收入的百分之二十至三十的比例给付。负担两个以上子女抚养费的，比例可以适当提高，但一般不得超过月总收入的百分之五十。无固定收入的，抚养费的数额可以依据当年总收入或者同行业平均收入，参照上述比例确定。

    处理建议

   1. 协商解决

   女方可以先尝试与男方进行协商，明确指出男方未实际抚养孩子，而自己承担了抚养责任的事实。协商内容可以包括变更抚养权，让抚养权正式归女方，同时要求男方支付相应的抚养费。通过友好协商解决问题，既可以避免双方关系进一步恶化，也能节省时间和精力。

   2. 诉讼解决

   如果协商不成，女方可以向法院提起诉讼，请求变更抚养权并要求男方支付抚养费。在诉讼过程中，女方需要提供相关证据，证明自己实际抚养孩子的事实，例如孩子的生活照片、幼儿园接送记录、为孩子支付费用的票据等，以支持自己的诉求。法院在审理此类案件时，会以有利于孩子成长为原则进行判决。

    注意事项

   1. 证据收集

   在处理这类问题时，证据的收集非常重要。女方要注意保存与孩子抚养相关的各种证据，以便在需要时能够证明自己的主张。

   2. 孩子的意愿

   由于孩子只有三岁，在确定抚养权归属时，孩子的意愿通常不是主要考虑因素。但随着孩子年龄的增长，其意愿在抚养权纠纷中的作用会逐渐增强。

   如果你能提供更具体的需求，比如是否要变更抚养权、关于抚养费的疑问等，我可以提供更详细的法律建议。