法院可以查封农村自建房，但存在一定的条件和限制。

    可以查封的情况

   根据相关法律规定，法院有权对被执行人的财产进行查封，农村自建房属于被执行人的财产时，在符合法律规定的执行程序下，法院可以对其进行查封。比如，当被执行人涉及债务纠纷，债权人向法院申请强制执行，法院在查明农村自建房为被执行人所有后，就可以采取查封措施。

    限制因素

    宅基地性质 ：农村自建房一般建在宅基地上，宅基地的所有权归农村集体所有，村民仅拥有使用权。这就使得农村自建房的处置相对复杂，法院在查封后，执行变现存在一定困难。因为基于宅基地的集体属性，其流转通常只能在本集体经济组织内部进行，受让人也需符合宅基地申请条件。

    保障基本居住权 ：法院在执行过程中，要保障被执行人及其所扶养家属的基本居住权利。如果该农村自建房是被执行人及其家属唯一的居住场所，法院在查封时会更加谨慎。虽然可以查封，但一般不会轻易进行拍卖、变卖等处置，以避免被执行人及其家属居无定所。

   如果涉及具体的法律纠纷和执行问题，建议咨询专业法律人士以获取准确的法律建议。