以下从法律角度对该情况进行分析：

    程序上的合规性问题

    不动产登记的一般要求

   根据《不动产登记暂行条例》等相关规定，办理不动产所有权移转登记需要提交一系列必要的材料，其中包括申请人的身份证明等。在此次登记中，B作为登记申请人之一，未携带身份证，而不动产登记机构在这种情况下仍进行了登记操作，这可能不符合严格的登记程序要求。

   通常，不动产登记机构有义务对申请人提交的材料进行审核，确保材料的完整性和真实性。缺少B的身份证，可能影响对B身份的准确核实以及登记申请的合法性审查。

    共同申请的规定

   如果该房屋是A和B共同申请所有权移转登记，一般应遵循共同申请的原则。B未携带身份证可能导致其不能有效完成申请流程，不动产登记机构仅将房屋所有权人变更为A，可能违反了共同申请的规定。除非有证据证明A和B有特殊约定或存在符合法律规定的情形，允许单独为A办理登记。

    登记结果的效力问题

    合同关系与登记的联系

   假设A、B与C之间存在房屋买卖合同等导致所有权移转的基础法律关系。如果合同约定的是将房屋转让给A和B，而不动产登记机构仅登记为A，这可能与合同约定不符。从合同角度看，C有义务按照合同约定协助A和B办理共同的所有权登记，而登记机构的操作可能影响到合同的履行。

    对B权益的影响

   B原本预期成为房屋的共同所有权人，但由于未携带身份证而未被登记为所有权人，其合法权益可能受到损害。B有权依据相关法律和与A、C之间的约定，要求纠正登记错误，恢复其作为房屋共同所有权人的登记状态。

    后续处理建议

    B可要求更正登记

   B可以向不动产登记机构提出更正登记申请，提交相关证明材料，如身份证、与A的婚姻关系证明、与C的房屋买卖合同等，说明情况并要求将自己补充登记为房屋所有权人。根据《不动产登记暂行条例实施细则》，不动产权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误，可以申请更正登记。

    与登记机构沟通协调

   A和B可以与不动产登记机构进行沟通，说明当天未携带身份证是疏忽，并且提供其他能够证明身份和申请意愿的材料，争取登记机构配合进行正确的登记操作。如果登记机构拒绝更正，B可以通过行政复议或行政诉讼等途径维护自己的合法权益。

    与C协商

   A和B也可以与C协商，要求C配合重新办理登记手续，确保房屋按照合同约定登记在A和B名下。因为C作为房屋转让方，有协助办理产权过户的义务。

   综上所述，不动产登记机构在B未携带身份证的情况下仅将房屋所有权人变更为A，在程序上可能存在瑕疵，B的权益可能受到影响，B可以通过合法途径要求纠正登记错误。