商标侵权案件中，不能仅没收包装，还需根据具体情况采取其他措施。具体分析如下：
一、商标侵权的处罚措施

1. 责令停止侵权行为：根据《中华人民共和国商标法》第六十条，市场监督管理部门或工商行政管理部门认定侵权行为成立时，会责令侵权人立即停止侵权行为。
2. 没收并销毁侵权商品及工具：执法机关将没收并销毁侵权商品，以及主要用于制造侵权商品或伪造注册商标标识的工具，以彻底消除侵权行为的物质基础和手段。
3. 罚款：若侵权人违法经营额五万元以上，可处违法经营额五倍以下罚款；违法经营额不足五万元的，可处二十五万元以下罚款。
   二、特殊情况下的处罚
4. 五年内两次以上侵权或有其他严重情节：此类侵权人将面临更重的处罚，包括违法经营额五倍以上十倍以下罚款，甚至可能被吊销营业执照。
5. 销售者不知情的情况：若销售者能证明所售侵权商品合法取得，并说明提供者，可免除罚款，但仍需停止销售，且侵权商品可能被没收。
   三、仅没收包装的局限性
   仅没收包装无法全面打击商标侵权行为，因包装只是侵权商品的一部分。彻底消除侵权行为需没收整个侵权商品及制造工具，并可能伴随罚款等处罚。