农民自建小高店（一般理解为小型商业店铺）多年后因漏水进行改造且墙身加高1米，通常需要办理以下一些手续：

    规划审批手续

   1. 乡村建设规划许可证

   如果小高店位于乡村规划区内，依据《中华人民共和国城乡规划法》，在原有基础上进行墙身加高属于对建筑物进行改建，需要向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。

   申请时可能需要提交以下材料：

    - 申请书，说明改造的原因（如漏水）、改造的具体内容（墙身加高1米）等情况。

    - 原小高店的产权证明文件，以证明你对该建筑拥有合法权益。

    - 改造方案，包括加高部分的设计图纸（如平面图、立面图、剖面图等），图纸应明确标注尺寸、结构等详细信息。

    - 村民委员会的书面意见，证明改造行为经过了村集体的知晓和同意。

   2. 建设用地规划许可证（部分情况）

   若小高店改造涉及到用地性质变更或者对用地范围有调整，还需要向城乡规划主管部门申请建设用地规划许可证。不过如果只是单纯的墙身加高，未涉及用地问题，一般不需要办理此证。

    建设审批手续

   1. 施工许可证（可能需要）

   虽然农民自建低层住宅工程投资额在30万元以下或者建筑面积在300平方米以下的，可以不申请办理施工许可证。但小高店不属于住宅范畴，不同地区对于小型商业建筑的施工许可规定有所不同。

   如果当地规定该小高店改造需要办理施工许可证，需要向工程所在地县级以上人民政府建设行政主管部门申请。申请时需提交以下材料：

    - 建设用地规划许可证（如有）、建设工程规划许可证。

    - 施工图纸及技术资料，确保施工图纸符合相关规范和安全要求。

    - 施工企业资质证书及项目经理证书，证明承担改造工程的施工单位具备相应的施工能力。

    - 工程质量和安全监督手续，以保障施工过程中的工程质量和施工安全。

   2. 质量安全监督手续

   无论是否需要办理施工许可证，为确保改造工程的质量和施工安全，都应到当地建设工程质量安全监督机构办理质量安全监督手续。施工过程中，质量安全监督机构会对工程进行定期或不定期的检查，确保施工符合相关标准和规范。

    其他手续

   1. 消防手续

   由于小高店属于商业场所，改造后可能需要重新进行消防评估。如果墙身加高影响到建筑的消防布局、疏散通道等，需要向当地消防救援机构申报消防设计审核或消防备案手续。申报时需提交消防设计文件，包括消防设施布置图、疏散指示图等。

   2. 产权变更登记（如有必要）

   改造完成后，如果墙身加高导致建筑物的面积、结构等发生变化，需要到当地不动产登记机构办理产权变更登记手续，以确保产权证书上的信息与实际建筑情况相符。

   不同地区的具体规定和办理流程可能会有所差异，建议你在进行改造前，详细咨询当地的城乡规划部门、建设行政主管部门、消防救援机构和不动产登记机构等相关部门，以确保改造行为合法合规。