当员工在店内偷了鸭肉干、牛巴等食材时，可按以下步骤处理：

    内部调查与证据固定

   1. 发现与初步了解

   当发现有食材被盗时，应第一时间封锁现场，避免现场被破坏，防止证据丢失。可以调取店内的监控录像，查看是否有员工的异常行为，确定可能实施盗窃的员工身份以及大致的作案时间和过程。

   2. 与涉事员工谈话

   以合适的方式将涉事员工请到相对私密、安静的场所进行谈话。谈话过程中要保持冷静和理智，避免使用过激的语言。向员工说明你所掌握的情况，询问其是否有相关行为，并给予其解释的机会。同时，注意全程录音录像，以便留存证据。

   3. 证据固定

   除了监控录像和谈话记录外，如果有其他相关证据，如被盗食材的包装、现场遗留的物品等，都要妥善保存。这些证据对于后续的处理和可能的法律行动都非常重要。

    根据公司规章制度处理

   1. 查看规章制度

   翻查公司已有的规章制度，确认其中是否有关于员工盗窃行为的具体规定。如果有，严格按照规定执行相应的处罚措施。例如，规定中可能明确了对于盗窃行为的处罚包括警告、罚款、解除劳动合同等。

   2. 实施处罚

   根据规章制度，对涉事员工进行相应的处罚。如果决定解除劳动合同，要按照法律规定的程序进行，向员工出具书面的解除劳动合同通知，说明解除的原因和依据，并要求员工办理工作交接和离职手续。

   3. 公示处理结果

   在公司内部以适当的方式公示对该事件的处理结果，但要注意保护涉事员工的隐私，避免过度曝光。公示处理结果可以起到警示其他员工的作用，维护公司的正常秩序和规章制度的严肃性。

    赔偿损失

   1. 核算损失

   对被盗食材的价值进行准确核算，包括食材的采购成本、加工成本以及可能因食材被盗而导致的其他损失，如延误的订单、客户投诉等。

   2. 要求赔偿

   与涉事员工沟通，要求其赔偿公司的损失。可以与员工协商赔偿的方式和时间，如一次性赔偿或分期赔偿。如果员工拒绝赔偿，公司可以通过法律途径追讨损失。

    考虑报警

   1. 判断是否达到立案标准

   根据《最高人民法院、最高人民检察院关于办理盗窃刑事案件适用法律若干问题的解释》，一般情况下，盗窃公私财物价值一千元至三千元以上属于数额较大。不同地区可能会根据当地经济发展状况等因素在此幅度内确定具体的立案标准。如果被盗食材的价值达到当地的立案标准，或者虽然未达到立案标准但存在多次盗窃等情形，建议向公安机关报警。

   2. 配合警方调查

   向警方提供你所掌握的证据和相关信息，积极配合警方的调查工作。警方会根据具体情况进行侦查，追究涉事员工的法律责任。如果涉事员工的行为构成盗窃罪，将面临刑事处罚。