在判断农村自建房地下室无门无窗的部分是否算一层以及是否计入办证面积等情况时，需要综合多方面因素来看：

    从建筑规范和定义角度

   一般来说，在建筑领域对于“层”有较为明确的界定。通常具有一定的使用功能空间、符合一定的高度标准（如一般住宅的层高不低于2.2米），能够正常使用、具备通行和使用条件的空间才会被认定为一层。如果地下室无门无窗，没有正常的通行和使用条件，从严格的建筑功能划分角度，它可能并不符合典型意义上“层”的定义。

    从产权登记和办证角度

    不计入情况 ：农村自建房办证时，主要依据是合法审批的建筑面积和规划要求。如果在最初的建房审批规划中，并没有将该地下室纳入建设层数和面积范围，且其不具备正常居住或使用功能，仅仅是一个封闭的空间，那么在产权登记办证时，通常不会将其算作一层。

    特殊情况可能计入 ：有些地区对于地下室即便无门无窗，但如果高度达到一定标准（比如层高超过2.2米） ，在计算建筑面积时可能会按照一定比例（如一半面积）计入总建筑面积。不过这也需要结合当地具体的房产测绘和登记政策来确定。例如，当地可能为了更准确反映房屋实际占用土地和空间资源情况，会将符合一定条件的地下室面积计算在内，但这并不意味着它就等同于地上正常的一层来对待。

    从实际使用和管理角度

   虽然在办证时可能未将其认定为一层，但在实际使用中，如果业主对该地下室进行了改造，增加了门窗等通行条件，使其具备了一定的使用功能，如作为储物间等，那么在实际管理和功能认定上，可能会将其视为具有一定使用意义的“一层”，不过这并不影响其在产权登记上的属性。

   总之，农村自建房无门无窗的地下室是否算一层，关键要看当地的房产测绘、登记政策以及最初的建房审批规划情况，建议你咨询当地的不动产登记部门或乡镇规划建设管理机构，以获取准确的答复。